在食品工業，產品質量管理是通過酯化脂肪酸分析，確定脂肪中飽和脂肪酸與不飽和脂肪酸之比。因為脂肪酸中有很多異構體需要分離，通常方法是通過酯化為脂肪酸甲酯（FAMEs），再用色譜分析。以避免直接注射脂肪酸引起的峰拖尾和阻塞。

因為用于此分析的極性或中等極性的毛細管柱使用極限溫度低，因此設定柱箱程序非常重要。對于所有的不同極性或中等極性的毛細管，脂肪酸流出會不同，因此首先要確定出峰順序。ATC脂肪酸分析儀適用于各種脂肪酸，并提供從制備到方法的建立所有方法。